# 年末調整と確定申告の違い完全ガイド【2026年最新版】会社員も必見

> 年末調整と確定申告の違いを徹底解説。年末調整済みでも確定申告が必要なケース、両方必要な人の条件、2026年の変更点まで。会社員・副業者必見のガイド。

- URL: https://denpyo.com/ja/blog/year-end-adjustment-vs-tax-return-2026
- Published: 2026-01-22
- Updated: 2026-11-07
- Language: ja

> **免責事項**: この記事は一般的な情報提供を目的としており、税務・法務のアドバイスではありません。個別の状況については、税理士等の専門家にご相談ください。記載内容は2026年1月時点の情報に基づいています（「123万円の壁」の説明と2026年分の注記を2026年11月に更新）。 **開示**: この記事はDenpyoのブログです。Denpyoはレシート管理・経費管理サービスを提供しています。

## はじめに

「会社で年末調整したのに、確定申告も必要？」

毎年12月から3月にかけて、多くの会社員がこの疑問を抱えます。特に副業をしている方、医療費が多かった方、住宅ローンを組んだ方は、年末調整だけでは不十分なケースがあります。

この記事では、**年末調整と確定申告の違い**を徹底解説し、どんな人がどちらを行うべきか、2026年の最新情報とともにお伝えします。

## 年末調整と確定申告の基本的な違い

### 年末調整とは

**年末調整（ねんまつちょうせい）**は、会社が従業員に代わって行う税金の精算手続きです。

| 項目 | 内容 |
| --- | --- |
| **実施者** | 会社（雇用主） |
| **対象者** | 給与所得者（会社員、パート、アルバイト） |
| **時期** | 毎年12月（翌年1月まで） |
| **対象となる控除** | 基礎控除、配偶者控除、扶養控除、生命保険料控除、社会保険料控除など |
| **手続き** | 会社に書類を提出するだけ |

**年末調整の仕組み**：

1. 毎月の給与から概算で源泉徴収

1. 年末に1年間の正確な税額を計算

1. 過不足を12月の給与で調整（還付または追加徴収）

### 確定申告とは

**確定申告（かくていしんこく）**は、個人が自分で税務署に行う税金の申告手続きです。

| 項目 | 内容 |
| --- | --- |
| **実施者** | 個人（本人） |
| **対象者** | 自営業者、フリーランス、一定の給与所得者 |
| **時期** | 毎年2月16日〜3月15日 |
| **対象となる控除** | 全ての控除（医療費控除、寄附金控除、雑損控除など年末調整できないものも含む） |
| **手続き** | 税務署に申告書を提出 |

## 【比較表】年末調整 vs 確定申告

| 比較項目 | 年末調整 | 確定申告 |
| --- | --- | --- |
| **手続きする人** | 会社 | 本人 |
| **義務/任意** | 会社の義務 | 条件による |
| **対象所得** | 給与所得のみ | 全ての所得 |
| **申告時期** | 12月 | 2〜3月 |
| **医療費控除** | ❌ 対象外 | ✅ 申告可能 |
| **ふるさと納税** | △ ワンストップのみ | ✅ 全額申告可能 |
| **住宅ローン控除** | △ 2年目以降 | ✅ 初年度必須 |
| **副業収入** | ❌ 対象外 | ✅ 申告必要 |
| **株・FX損益** | ❌ 対象外 | ✅ 申告可能 |

## 年末調整後でも確定申告が必要な7つのケース

年末調整を済ませた会社員でも、以下のケースでは**確定申告が必要**または**確定申告で還付を受けられる**場合があります。

### 1. 医療費が10万円を超えた

年間の医療費が10万円（または所得の5%）を超えた場合、**医療費控除**を受けられます。

**医療費控除の計算式**：

```
医療費控除額 = 支払った医療費 - 保険金等 - 10万円（または所得の5%）
```

**対象となる医療費**：

- 病院・歯科の治療費

- 処方薬代

- 通院の交通費（公共交通機関）

- 入院費用

- 介護サービス費用

**還付額の目安**：

- 医療費20万円 → 約1.5万円の還付

- 医療費50万円 → 約6万円の還付

👉 [医療費控除の詳細ガイドはこちら](https://denpyo.com/ja/blog/medical-expense-deduction-2026)

### 2. ふるさと納税を6自治体以上にした

ワンストップ特例制度は**5自治体まで**。6自治体以上に寄附した場合は確定申告が必要です。

**注意点**：

- 確定申告する場合、ワンストップ特例は無効になる

- 全ての寄附を確定申告で申告し直す必要あり

👉 [ふるさと納税と確定申告の完全ガイド](https://denpyo.com/ja/blog/furusato-nozei-tax-return-2026)

### 3. 住宅ローン控除の初年度

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は：

- **1年目**：確定申告が必須

- **2年目以降**：年末調整で対応可能

**控除額**：最大で借入残高の0.7%（新築の場合）

### 4. 副業収入が20万円を超えた

会社の給与以外に副業収入がある場合：

| 副業収入 | 確定申告 |
| --- | --- |
| 20万円以下 | 不要（住民税申告は必要） |
| 20万円超 | **必要** |

**副業の種類と申告区分**：

- フリーランス業務 → 事業所得 or 雑所得

- アルバイト → 給与所得

- 株式投資 → 譲渡所得

- 不動産収入 → 不動産所得

### 5. 給与が2,000万円を超える

年間の給与収入が**2,000万円を超える**場合、年末調整の対象外となり、確定申告が義務です。

### 6. 2ヶ所以上から給与を受けている

複数の会社から給与を受けている場合：

| 条件 | 確定申告 |
| --- | --- |
| メイン以外の給与が20万円以下 | 不要 |
| メイン以外の給与が20万円超 | **必要** |

### 7. 年の途中で退職して再就職していない

年の途中で退職し、12月31日時点で無職の場合：

- 年末調整が行われない

- 確定申告で税金の精算が必要

**還付の可能性**：退職までの給与から源泉徴収された税金が多すぎる場合、還付される可能性が高いです。

## 確定申告すると得する5つのケース（任意）

義務ではなくても、確定申告することで**税金が戻ってくる**ケースがあります。

### 1. セルフメディケーション税制を利用

医療費が10万円未満でも、**特定の市販薬**を年間12,000円以上購入した場合に控除を受けられます。

### 2. 災害や盗難の被害を受けた

**雑損控除**として、災害・盗難・横領による損失を控除できます。

### 3. 多額の寄附をした

ふるさと納税以外にも、認定NPO法人への寄附、政治献金、特定公益増進法人への寄附は**寄附金控除**の対象です。

### 4. 株式投資で損失が出た

**譲渡損失の繰越控除**：株式投資の損失を最大3年間繰り越して、将来の利益と相殺できます。

### 5. 配当所得の還付を受けたい

**総合課税**を選択すると、配当控除を受けられる場合があります（課税所得695万円以下の方に有利）。

## 2026年の重要な変更点

### 基礎控除の拡大

2025年分（2026年申告）から、**基礎控除が大幅に拡大**されます。

| 合計所得金額 | 従来の基礎控除 | 2025年〜新基礎控除 |
| --- | --- | --- |
| 2,350万円以下 | 48万円 | **58万円〜95万円** |
| 2,350万円超〜2,400万円以下 | 48万円 | 48万円 |
| 2,400万円超〜2,450万円以下 | 32万円 | 32万円 |
| 2,450万円超〜2,500万円以下 | 16万円 | 16万円 |
| 2,500万円超 | 0円 | 0円 |

**「103万円の壁」から「123万円の壁」へ**

給与所得控除（最低65万円）+ 新基礎控除（95万円）= **160万円**まで所得税がかからなくなります（給与収入のみの場合）。「123万円」は、家族の扶養に入れる上限（合計所得58万円以下）を給与収入に直した金額です。

※2026年分（2027年申告）は、給与所得控除の最低額が74万円、基礎控除が104万円（合計所得489万円以下）となり、所得税がかからない上限は**178万円**、扶養に入れる上限（合計所得62万円以下）は給与収入**136万円**になります。

👉 [2026年税制改正の詳細はこちら](https://denpyo.com/ja/blog/2026-tax-changes-basic-deduction)

### 確定申告期間

**2026年の確定申告期間**：

- 所得税：2026年2月16日（月）〜 3月16日（月）

- 消費税：2026年3月31日（火）まで

- 還付申告：2026年1月1日から可能

## 年末調整と確定申告の両方が必要なケース

以下の場合、**年末調整を受けた上で、さらに確定申告も必要**です：

### ケース1：副業収入がある会社員

```
年末調整（給与所得）+ 確定申告（副業収入を追加申告）
```

### ケース2：医療費控除を受けたい会社員

```
年末調整（基本的な控除）+ 確定申告（医療費控除を追加）
```

### ケース3：住宅ローン控除の初年度

```
年末調整（基本的な控除）+ 確定申告（住宅ローン控除の初年度申請）
```

## よくある間違いと注意点

### 間違い1：「年末調整したから確定申告不要」

❌ **間違い**

年末調整で対応できない控除（医療費控除など）は、確定申告しないと受けられません。還付を受けられるチャンスを逃している可能性があります。

### 間違い2：「副業20万円以下なら何もしなくていい」

❌ **間違い**

確定申告は不要でも、**住民税の申告は必要**です。市区町村に住民税の申告書を提出してください。

### 間違い3：「ワンストップ特例を使ったから安心」

⚠️ **注意**

確定申告をすると、ワンストップ特例は**自動的に無効**になります。医療費控除などで確定申告する場合、ふるさと納税も全て確定申告に含める必要があります。

### 間違い4：「還付申告は期限がない」

⚠️ **注意**

還付申告は**5年以内**に行う必要があります。過去5年分までは遡って申告できますが、それ以前は時効で申告できません。

## 確定申告に必要な書類

### 全員共通

| 書類 | 入手方法 |
| --- | --- |
| 源泉徴収票 | 会社から受け取り |
| マイナンバーカード | 市区町村 |
| 還付先の銀行口座情報 | 本人名義の口座 |

### 控除を受ける場合の追加書類

| 控除の種類 | 必要書類 |
| --- | --- |
| 医療費控除 | 医療費の領収書、医療費控除の明細書 |
| ふるさと納税 | 寄附金受領証明書 |
| 住宅ローン控除 | 借入金残高証明書、登記事項証明書、売買契約書 |
| 社会保険料控除 | 控除証明書（国民年金など） |
| 生命保険料控除 | 控除証明書 |

## 効率的な確定申告のコツ

### 1. 領収書は日頃から整理

経費や医療費の領収書は、月ごとにファイリングしておくと確定申告時に楽になります。

**Denpyoの活用**：レシート・領収書の写真を撮るだけで自動整理。経費の集計もワンクリック。 → [**今すぐDenpyoで経費整理を始める**](https://denpyo.com/register)

### 2. e-Taxを活用

**e-Tax（電子申告）のメリット**：

- 24時間いつでも申告可能

- 還付が早い（約3週間）

- 源泉徴収票の添付が不要

- 控除証明書の添付が不要（一部）

### 3. 確定申告書作成コーナーを使う

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」なら：

- 画面の案内に従って入力するだけ

- 自動計算で計算ミスなし

- そのままe-Tax送信可能

## まとめ

| あなたの状況 | 必要な手続き |
| --- | --- |
| 会社員で控除も少ない | 年末調整のみ |
| 会社員で医療費が多い | 年末調整 + 確定申告 |
| 会社員で副業あり | 年末調整 + 確定申告 |
| 会社員で住宅ローン1年目 | 年末調整 + 確定申告 |
| フリーランス・自営業 | 確定申告のみ |
| 年の途中で退職 | 確定申告のみ |

**ポイント**：

1. 年末調整は会社がやってくれる「簡易版の税金精算」

1. 確定申告は自分で行う「完全版の税金申告」

1. 年末調整では対応できない控除は確定申告で申請

1. 両方必要なケースも多い

確定申告の期限は**2026年3月16日**です。早めの準備で、還付金を確実に受け取りましょう！

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## 参考資料

- [国税庁：年末調整](https://www.nta.go.jp/users/gensen/nencho/index.htm)

- [国税庁：確定申告特集](https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/index.htm)

- [国税庁：確定申告書等作成コーナー](https://www.keisan.nta.go.jp/)

- [国税庁：No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人](https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1900.htm)