インボイス経過措置が2年延長｜2026年10月から仕入税額控除は「70%」に【令和8年度改正】

本記事は2026年8月時点の国税庁（NTA）および財務省の公表資料に基づく一般的な解説であり、個別の税務アドバイスではありません。具体的な判断は、所轄の税務署または税理士にご確認ください。

「インボイスの経過措置は2026年10月から50%に下がる」——そう思って準備していた個人事業主・フリーランス・中小企業の経営者は、いったん情報をアップデートしてください。令和8年度税制改正により、免税事業者からの仕入れに係る経過措置（仕入税額控除）のスケジュールが見直され、2026年10月からは「70%控除」という新しい段階が設けられました。当初予定より控除できる割合が10ポイント大きく、しかも経過措置の終了時期も2年延長されています。免税事業者と取引のある課税事業者にとっては、消費税の負担が想定より緩やかになる朗報ですが、適用を受けるには帳簿の記載と請求書の保存という要件を満たす必要があります。この記事では、改正後の新スケジュール、対象となる事業者、実務で押さえるべきポイントをわかりやすく解説します。

インボイス制度と「経過措置」のおさらい

2023年10月1日に始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）では、消費税の仕入税額控除を受けるために、原則として「適格請求書（インボイス）」の保存が必要になりました。適格請求書を発行できるのは、税務署に登録した「適格請求書発行事業者」だけです。裏を返すと、登録していない免税事業者（売上1,000万円以下などで消費税の納税義務が免除されている事業者）からの仕入れは、原則として仕入税額控除の対象になりません。

とはいえ、制度開始と同時に控除をゼロにすると影響が大きすぎるため、免税事業者からの課税仕入れについては、一定割合を控除できる経過措置が設けられました。当初のルールは「2023年10月〜2026年9月は80%控除」「2026年10月〜2029年9月は50%控除」「2029年10月以降は控除なし」という3段階でした。多くの解説記事や会計ソフトが、この旧スケジュールを前提に「2026年10月から50%」と案内してきました。

令和8年度税制改正で何が変わった？（80%→70%への見直しと2年延長）

令和8年度税制改正では、小規模事業者への配慮として、この控除割合の縮小をよりなだらかにし、経過措置の期間を2年延長する見直しが行われました。改正後の新しいスケジュールは次のとおりです。

• 2023年10月1日〜2026年9月30日：80%控除（従来どおり）

• 2026年10月1日〜2028年9月30日：70%控除（今回新設。旧制度では50%の予定でした）

• 2028年10月1日〜2030年9月30日：50%控除

• 2030年10月1日〜2031年9月30日：30%控除

• 2031年10月1日以降：控除なし（0%）

ポイントは2つあります。第一に、2026年10月からの控除割合が50%ではなく70%に引き上げられたこと。第二に、経過措置の終了が2029年9月から2031年9月へと2年延長され、その間に70%→50%→30%と段階的に縮小されるようになったことです。改正の背景には、免税事業者との取引が多い中小事業者の急激な負担増を避けるという狙いがあります（財務省「令和8年度税制改正」）。

この経過措置の対象になるのは誰か

まず前提として、この経過措置が関係するのは、本則課税（一般課税）で消費税を申告している課税事業者です。具体的には、免税事業者や登録していない事業者から商品・サービスを仕入れ、その仕入れにかかる消費税を「実際の請求書ベース」で控除している事業者が対象です。

一方、次のような事業者は、そもそも実際の仕入れに基づく仕入税額控除を行わないため、この経過措置を意識する必要はありません。

• 簡易課税制度を選択している事業者：売上に対するみなし仕入率で控除額を計算するため、仕入先が課税事業者か免税事業者かは関係ありません。

• 2割特例を適用している事業者：インボイス登録を機に課税事業者になった小規模事業者向けの特例で、売上税額の2割を納税額とするため、仕入の内訳を問いません。

• そもそも免税事業者のままの事業者：消費税の申告自体を行いません。

つまり今回の70%への見直しで直接影響を受けるのは、免税事業者と取引があり、かつ本則課税で申告している事業者、たとえば外注先に個人クリエイターやひとり親方が多い制作会社・建設業、フリーランスに業務委託している事業者などです。

経過措置を適用するための2つの要件

経過措置による控除は、自動的に受けられるわけではありません。次の2つの要件を満たす必要があります（国税庁 インボイス制度特設サイト）。

1. 帳簿への記載

区分記載請求書等保存方式のときと同様に、①相手方の氏名または名称、②取引年月日、③取引内容（軽減税率対象ならその旨）、④対価の額を帳簿に記載します。加えて、「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」の記載が必要です。実務上は「80%控除対象」「経過措置（70%）」といった補記や、専用の税区分を使って区別します。

2. 請求書等の保存

区分記載請求書等と同様の事項が記載された、相手方から受け取った請求書・領収書・納品書などを保存します。適格請求書である必要はありませんが、書類そのものは保存しておかなければなりません。電子で受け取った請求書は、電子帳簿保存法の要件に沿って電子のまま保存する点にも注意が必要です。

実務でのシミュレーション例

免税事業者である個人デザイナーに、外注費として110,000円（本体100,000円＋消費税相当10,000円）を支払ったケースで考えてみましょう。

• 2026年9月まで（80%控除）：消費税相当10,000円のうち8,000円を仕入税額控除でき、残り2,000円は控除できないため仕入（経費）に含めて処理します。

• 2026年10月〜（70%控除）：10,000円のうち7,000円を控除でき、控除できない3,000円が経費に回ります。

この取引1件あたりでは、控除できる金額が8,000円から7,000円へと1,000円減り、その分だけ納める消費税が増えます。もし旧制度どおり50%だった場合は控除5,000円・納税増5,000円だったので、70%に据え置かれたことで負担増が半分に抑えられた、とも言えます。取引件数が多い事業者ほど、この差は無視できません。自分の税負担がどう変わるかは、節税額シミュレーターや所得税計算ツールで全体像をつかんでおくと安心です。

免税事業者との取引、これからどう考える？

控除割合が段階的に下がっていく以上、免税事業者との取引が多い事業者は、中長期の方針を早めに検討しておくのが得策です。選択肢としては、①取引先に適格請求書発行事業者への登録を相談する、②簡易課税の選択が有利かどうか試算する、③価格・発注条件を見直す、などが考えられます。ただし、免税事業者に一方的に不利な取引条件を強いることは独占禁止法・下請法上の問題になり得るため、あくまで対等な協議が前提です。いずれにせよ、まずは「自社の仕入れのうち免税事業者からの取引がどれくらいあるのか」を正確に把握することがスタートラインになります。

Denpyoで区分経理と証憑管理をラクにする

経過措置を正しく適用するうえで地味に手間がかかるのが、「その仕入先が適格請求書発行事業者かどうか」を1件ずつ判別し、帳簿に経過措置適用の旨を残す作業です。Denpyoなら、領収書や請求書をスマホで撮影するだけで、登録番号（T＋13桁）の有無や取引先・日付・金額といった情報を自動で読み取り、区分経理や帳簿づけの下準備を効率化できます。読み取ったデータはそのまま節税効果の見える化にもつながるため、「消費税でいくら控除できるか」「経費でどれだけ節税できるか」を日々の記帳の延長で確認できます。紙の請求書もその場でデジタル化されるので、電子帳簿保存法への対応にも役立ちます。

まとめ

令和8年度税制改正により、免税事業者からの仕入れに係る経過措置は、2026年10月から「50%」ではなく「70%」控除に見直され、終了時期も2031年9月まで2年延長されました。控除割合は80%→70%→50%→30%→0%と段階的に縮小していきます。対象は本則課税の課税事業者で、適用には帳簿への「経過措置適用の旨」の記載と請求書等の保存が必要です。まずは免税事業者からの仕入れがどれくらいあるかを把握し、区分経理の体制を整えておきましょう。日々の領収書・請求書のデジタル化から始めれば、制度変更にも慌てず対応できます。