연말정산과 확정신고의 차이 완전 가이드【2026년 최신판】직장인 필독

면책사항: 이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 세무 또는 법률 자문이 아닙니다. 개별 상황에 대해서는 세무사 등 전문가에게 상담하시기 바랍니다. 기재 내용은 2026년 1월 시점의 정보입니다.

공개: 이 글은 Denpyo 블로그에 게시되었습니다. Denpyo는 영수증 관리 및 경비 추적 서비스를 제공합니다.

서론

「회사에서 연말정산을 했는데, 확정신고도 해야 하나요?」

매년 12월부터 3월에 걸쳐 많은 직장인들이 이런 의문을 갖습니다. 특히 부업을 하는 분, 의료비가 많았던 분, 주택담보대출을 받은 분은 연말정산만으로는 부족한 경우가 있습니다.

이 글에서는 연말정산과 확정신고의 차이를 철저히 해설하고, 어떤 사람이 어떤 것을 해야 하는지 2026년 최신 정보와 함께 전달합니다.

연말정산과 확정신고의 기본적인 차이

연말정산이란?

연말정산(넨마쓰 초세이)은 회사가 직원을 대신하여 진행하는 세금 정산 절차입니다.

작동 방식:

1. 매월 급여에서 예상 세금을 원천징수
2. 연말에 1년간의 정확한 세액을 계산
3. 12월 급여에서 과부족을 조정(환급 또는 추가 징수)

확정신고란?

확정신고(카쿠테이 신코쿠)는 개인이 직접 세무서에 신고하는 세금 신고 절차입니다.

비교표: 연말정산 vs 확정신고

연말정산 후에도 확정신고가 필요한 7가지 경우

연말정산을 완료한 직장인도 다음의 경우에는 확정신고가 필요하거나 확정신고로 환급을 받을 수 있습니다.

1. 의료비가 10만 엔을 초과한 경우

연간 의료비가 10만 엔(또는 소득의 5%)을 초과한 경우, 의료비 공제를 신청할 수 있습니다.

의료비 공제 계산 공식:

공제액 = 실제 지불한 의료비 - 보험금 등 - 10만 엔(또는 소득의 5%)

대상이 되는 의료비:

• 병원 및 치과 치료비
• 처방약 비용
• 통원 교통비(대중교통)
• 입원비
• 간병 서비스 비용

예상 환급 금액:

• 의료비 20만 엔 → 약 1.5만 엔 환급
• 의료비 50만 엔 → 약 6만 엔 환급

👉 의료비 공제 상세 가이드

2. 고향납세를 6개 이상 지자체에 한 경우

원스톱 특례 제도는 5개 지자체까지입니다. 6개 이상 지자체에 기부한 경우 확정신고가 필요합니다.

주의사항:

• 확정신고를 하면 원스톱 특례 신청이 무효가 됨
• 확정신고에서 모든 기부금을 다시 신고해야 함

👉 고향납세 확정신고 완전 가이드

3. 주택대출 공제 첫해

주택대출 공제(주택취득 특별공제):

• 1년차: 확정신고 필수
• 2년차 이후: 연말정산으로 가능

공제액: 대출 잔액의 최대 0.7%(신축의 경우)

4. 부업 수입이 20만 엔을 초과한 경우

본업 급여 외에 부업 수입이 있는 경우:

부업 종류와 소득 분류:

• 프리랜스 → 사업소득 또는 잡소득
• 아르바이트 → 급여소득
• 주식 투자 → 양도소득
• 임대 수입 → 부동산소득

5. 연봉이 2,000만 엔을 초과하는 경우

연봉이 2,000만 엔을 초과하면 연말정산 대상에서 제외되어 확정신고가 필수입니다.

6. 2곳 이상에서 급여를 받는 경우

여러 회사에서 급여를 받는 경우:

7. 연중에 퇴직하고 재취업하지 않은 경우

연중에 퇴직하고 12월 31일 기준으로 무직인 경우:

• 연말정산이 이루어지지 않음
• 확정신고로 세금 정산이 필요

환급 가능성: 퇴직 전 급여에서 원천징수된 세금이 너무 많았다면 환급받을 가능성이 높습니다.

확정신고로 환급받을 수 있는 5가지 경우(임의)

의무가 아니더라도 확정신고를 통해 환급을 받을 수 있는 경우가 있습니다.

1. 셀프 메디케이션 세제 이용

의료비가 10만 엔 미만이더라도 지정 OTC 의약품을 연간 12,000엔 이상 구매한 경우 공제를 받을 수 있습니다.

2. 재해나 도난 피해를 입은 경우

재해, 도난, 횡령으로 인한 손실에 대해 잡손 공제를 신청할 수 있습니다.

3. 고액 기부를 한 경우

고향납세 외에도 인정 NPO 법인에 대한 기부, 정치 기부금, 특정 공익증진 법인에 대한 기부는 기부금 공제 대상입니다.

4. 주식 투자에서 손실이 발생한 경우

양도손실 이월공제: 주식 투자 손실을 최대 3년간 이월하여 향후 이익과 상계할 수 있습니다.

5. 배당소득 환급을 원하는 경우

종합과세를 선택하면 배당공제를 받을 수 있습니다(과세소득 695만 엔 이하인 분에게 유리).

2026년 중요 변경 사항

기초공제 확대

2025년 소득(2026년 신고)부터 기초공제가 대폭 확대됩니다.

「103만 엔의 벽」에서 「123만 엔의 벽」으로

급여소득공제(55만 엔) + 신기초공제(68만 엔) = 123만 엔까지 소득세가 면제됩니다.

👉 2026년 세제개정 상세

확정신고 기간

2026년 확정신고 기간:

• 소득세: 2026년 2월 16일(월)~3월 16일(월)
• 소비세: 2026년 3월 31일(화)까지
• 환급신고: 2026년 1월 1일부터 가능

연말정산과 확정신고가 모두 필요한 경우

다음의 경우 연말정산을 받은 후 추가로 확정신고도 필요합니다:

케이스 1: 부업 수입이 있는 직장인

연말정산(급여소득) + 확정신고(부업 수입 추가 신고)

케이스 2: 의료비 공제를 받고 싶은 직장인

연말정산(기본 공제) + 확정신고(의료비 공제 추가)

케이스 3: 주택대출 공제 첫해

연말정산(기본 공제) + 확정신고(첫해 주택대출 공제 신청)

흔한 실수와 주의사항

실수 1: 「연말정산 했으니까 확정신고 안 해도 된다」

❌ 틀렸습니다

연말정산으로 처리할 수 없는 공제(의료비 공제 등)는 확정신고로만 신청할 수 있습니다. 환급 기회를 놓치고 있을 수 있습니다.

실수 2: 「부업 20만 엔 이하면 아무것도 안 해도 된다」

❌ 틀렸습니다

확정신고가 불필요하더라도 주민세 신고는 필요합니다. 거주하는 시구정촌에 주민세 신고서를 제출하세요.

실수 3: 「원스톱 특례를 사용했으니까 안심」

⚠️ 주의

확정신고를 하면 원스톱 특례가 자동으로 무효가 됩니다. 의료비 공제 등으로 확정신고를 하는 경우 모든 고향납세 기부금도 확정신고에 포함해야 합니다.

실수 4: 「환급 신고는 기한이 없다」

⚠️ 주의

환급 신고는 5년 이내에 해야 합니다. 과거 5년분까지는 소급 신고할 수 있지만, 그 이전은 시효로 신고할 수 없습니다.

확정신고에 필요한 서류

모든 분 공통

공제 신청 시 추가 서류

효율적인 확정신고 팁

1. 평소에 영수증 정리하기

경비와 의료비 영수증을 월별로 정리해 두면 확정신고 준비가 훨씬 수월해집니다.

Denpyo 사용하기: 사진만 찍으면 자동으로 영수증이 정리됩니다. 원클릭으로 경비 요약서 생성.→ 지금 바로 Denpyo로 경비 정리 시작하기

2. e-Tax 사용하기

e-Tax의 장점:

• 24시간 언제든지 신고 가능
• 환급이 빠름(약 3주)
• 원천징수표 첨부 불필요
• 일부 공제 증명서 첨부 불필요

3. 국세청 온라인 신고 도구 사용하기

국세청의 「확정신고서 등 작성 코너」에서:

• 화면 안내에 따라 입력만 하면 됨
• 자동 계산으로 계산 실수 방지
• 그대로 e-Tax로 제출 가능

정리

핵심 포인트:

1. 연말정산은 회사가 대신해 주는 「간이판 세금 정산」
2. 확정신고는 스스로 하는 「완전판 세금 신고」
3. 연말정산으로 처리할 수 없는 공제는 확정신고로 신청
4. 둘 다 필요한 사람이 많음

확정신고 마감일은 2026년 3월 16일입니다. 미리 준비해서 확실하게 환급받으세요!

관련 글

• 2026년 세제개정 가이드: 기초공제 변경 사항
• 2026년 의료비 공제 완전 가이드
• 고향납세 확정신고 완전 가이드
• 청색신고 vs 백색신고 완전 가이드

참고 자료

• 국세청: 연말정산
• 국세청: 확정신고 특집
• 국세청: 확정신고서 등 작성 코너
• 국세청: 확정신고가 필요한 급여소득자