年末調整と確定申告の違い完全ガイド【2026年最新版】会社員も必見

免責事項: この記事は一般的な情報提供を目的としており、税務・法務のアドバイスではありません。個別の状況については、税理士等の専門家にご相談ください。記載内容は2026年1月時点の情報に基づいています。 開示: この記事はDenpyoのブログです。Denpyoはレシート管理・経費管理サービスを提供しています。

はじめに

「会社で年末調整したのに、確定申告も必要？」

毎年12月から3月にかけて、多くの会社員がこの疑問を抱えます。特に副業をしている方、医療費が多かった方、住宅ローンを組んだ方は、年末調整だけでは不十分なケースがあります。

この記事では、年末調整と確定申告の違いを徹底解説し、どんな人がどちらを行うべきか、2026年の最新情報とともにお伝えします。

年末調整と確定申告の基本的な違い

年末調整とは

年末調整（ねんまつちょうせい）は、会社が従業員に代わって行う税金の精算手続きです。

年末調整の仕組み：

1. 毎月の給与から概算で源泉徴収

1. 年末に1年間の正確な税額を計算

1. 過不足を12月の給与で調整（還付または追加徴収）

確定申告とは

確定申告（かくていしんこく）は、個人が自分で税務署に行う税金の申告手続きです。

【比較表】年末調整 vs 確定申告

年末調整後でも確定申告が必要な7つのケース

年末調整を済ませた会社員でも、以下のケースでは確定申告が必要または確定申告で還付を受けられる場合があります。

1. 医療費が10万円を超えた

年間の医療費が10万円（または所得の5%）を超えた場合、医療費控除を受けられます。

医療費控除の計算式：

医療費控除額 = 支払った医療費 - 保険金等 - 10万円（または所得の5%）

対象となる医療費：

• 病院・歯科の治療費

• 処方薬代

• 通院の交通費（公共交通機関）

• 入院費用

• 介護サービス費用

還付額の目安：

• 医療費20万円 → 約1.5万円の還付

• 医療費50万円 → 約6万円の還付

👉 医療費控除の詳細ガイドはこちら

2. ふるさと納税を6自治体以上にした

ワンストップ特例制度は5自治体まで。6自治体以上に寄附した場合は確定申告が必要です。

注意点：

• 確定申告する場合、ワンストップ特例は無効になる

• 全ての寄附を確定申告で申告し直す必要あり

👉 ふるさと納税と確定申告の完全ガイド

3. 住宅ローン控除の初年度

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は：

• 1年目：確定申告が必須

• 2年目以降：年末調整で対応可能

控除額：最大で借入残高の0.7%（新築の場合）

4. 副業収入が20万円を超えた

会社の給与以外に副業収入がある場合：

副業の種類と申告区分：

• フリーランス業務 → 事業所得 or 雑所得

• アルバイト → 給与所得

• 株式投資 → 譲渡所得

• 不動産収入 → 不動産所得

5. 給与が2,000万円を超える

年間の給与収入が2,000万円を超える場合、年末調整の対象外となり、確定申告が義務です。

6. 2ヶ所以上から給与を受けている

複数の会社から給与を受けている場合：

7. 年の途中で退職して再就職していない

年の途中で退職し、12月31日時点で無職の場合：

• 年末調整が行われない

• 確定申告で税金の精算が必要

還付の可能性：退職までの給与から源泉徴収された税金が多すぎる場合、還付される可能性が高いです。

確定申告すると得する5つのケース（任意）

義務ではなくても、確定申告することで税金が戻ってくるケースがあります。

1. セルフメディケーション税制を利用

医療費が10万円未満でも、特定の市販薬を年間12,000円以上購入した場合に控除を受けられます。

2. 災害や盗難の被害を受けた

雑損控除として、災害・盗難・横領による損失を控除できます。

3. 多額の寄附をした

ふるさと納税以外にも、認定NPO法人への寄附、政治献金、特定公益増進法人への寄附は寄附金控除の対象です。

4. 株式投資で損失が出た

譲渡損失の繰越控除：株式投資の損失を最大3年間繰り越して、将来の利益と相殺できます。

5. 配当所得の還付を受けたい

総合課税を選択すると、配当控除を受けられる場合があります（課税所得695万円以下の方に有利）。

2026年の重要な変更点

基礎控除の拡大

2025年分（2026年申告）から、基礎控除が大幅に拡大されます。

「103万円の壁」から「123万円の壁」へ

給与所得控除（55万円）+ 新基礎控除（68万円）= 123万円まで所得税がかからなくなります。

👉 2026年税制改正の詳細はこちら

確定申告期間

2026年の確定申告期間：

• 所得税：2026年2月16日（月）〜 3月16日（月）

• 消費税：2026年3月31日（火）まで

• 還付申告：2026年1月1日から可能

年末調整と確定申告の両方が必要なケース

以下の場合、年末調整を受けた上で、さらに確定申告も必要です：

ケース1：副業収入がある会社員

年末調整（給与所得）+ 確定申告（副業収入を追加申告）

ケース2：医療費控除を受けたい会社員

年末調整（基本的な控除）+ 確定申告（医療費控除を追加）

ケース3：住宅ローン控除の初年度

年末調整（基本的な控除）+ 確定申告（住宅ローン控除の初年度申請）

よくある間違いと注意点

間違い1：「年末調整したから確定申告不要」

❌ 間違い

年末調整で対応できない控除（医療費控除など）は、確定申告しないと受けられません。還付を受けられるチャンスを逃している可能性があります。

間違い2：「副業20万円以下なら何もしなくていい」

❌ 間違い

確定申告は不要でも、住民税の申告は必要です。市区町村に住民税の申告書を提出してください。

間違い3：「ワンストップ特例を使ったから安心」

⚠️ 注意

確定申告をすると、ワンストップ特例は自動的に無効になります。医療費控除などで確定申告する場合、ふるさと納税も全て確定申告に含める必要があります。

間違い4：「還付申告は期限がない」

⚠️ 注意

還付申告は5年以内に行う必要があります。過去5年分までは遡って申告できますが、それ以前は時効で申告できません。

確定申告に必要な書類

全員共通

控除を受ける場合の追加書類

効率的な確定申告のコツ

1. 領収書は日頃から整理

経費や医療費の領収書は、月ごとにファイリングしておくと確定申告時に楽になります。

Denpyoの活用：レシート・領収書の写真を撮るだけで自動整理。経費の集計もワンクリック。 → 今すぐDenpyoで経費整理を始める

2. e-Taxを活用

e-Tax（電子申告）のメリット：

• 24時間いつでも申告可能

• 還付が早い（約3週間）

• 源泉徴収票の添付が不要

• 控除証明書の添付が不要（一部）

3. 確定申告書作成コーナーを使う

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」なら：

• 画面の案内に従って入力するだけ

• 自動計算で計算ミスなし

• そのままe-Tax送信可能

まとめ

ポイント：

1. 年末調整は会社がやってくれる「簡易版の税金精算」

1. 確定申告は自分で行う「完全版の税金申告」

1. 年末調整では対応できない控除は確定申告で申請

1. 両方必要なケースも多い

確定申告の期限は2026年3月16日です。早めの準備で、還付金を確実に受け取りましょう！

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• ふるさと納税の確定申告完全ガイド

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参考資料

• 国税庁：年末調整

• 国税庁：確定申告特集

• 国税庁：確定申告書等作成コーナー

• 国税庁：No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人